糸の撚りの方向が異なります。
手縫い糸は、右撚り(S撚り)、ミシン糸は、逆向きの左撚り(Z撚り)です。
手縫い糸をミシンで使用すると、糸が切れやすくなる恐れがあります。

ミシン糸と手縫い糸の違い